Это происходит потому, что ваше веб-приложение JIT-компилируется в 32-битную версию, поэтому вы не можете загрузить 64-битную сборку в рабочий процесс.
Существует очень мало причин, по которым вам нужно скомпилировать сборку веб-приложения с определенной разрядностью. Вам нужна библиотека классов для x64 или вы можете оставить ее как AnyCPU?
Кроме того, IIS работает на 64-битной машине с 64-битной ОС? Если какой-либо из них 32-битный, то вы все равно не сможете загрузить 64-битную сборку.