Поскольку это подключаемый скрипт , он, вероятно, будет использовать пути POSIX в сеансе bash, а не пути Windows.
git log --name-status --git-dir='/C/Documents and Settings/user/My Documents/Visual Studio 2008/Projects/CMS/.git' --work-tree='/C/Documents and Settings/user/My Documents/Visual Studio 2008/Projects/CMS'
Из сеанса DOS (как в «не хуке») путь мог бы выглядеть следующим образом:
git log --name-status --git-dir='C:/Documents and Settings/user/My Documents/Visual Studio 2008/Projects/CMS/.git' --work-tree='C:/Documents and Settings/user/My Documents/Visual Studio 2008/Projects/CMS'
Альтернативный синтаксис (не тестировался): "c:\\xxx\\yyy\\..."