Это на самом деле довольно легко сделать, все, что вам нужно, это написать утилиту, которая импортирует всю структуру в библиотеку документов, я обнаружил, что все ссылки и пути в выводе из sandcastle являются относительными, сегодня я запустил импорт вручную, и это сработало как шарм.