Я знаю, что по этому вопросу растет несколько седых волос, но я столкнулся с той же проблемой.
Я использую Zend Studio 11.
Мое решение состояло в том, чтобы использовать альтернативный PHP (CLI) вместо Project Default PHP (CGI) в диалоговом окне «Настройки отладки», чтобы получить содержимое вкладки «Аргументы сценария PHP» для правильной регистрации. При использовании режима CGI мои аргументы привязывались к концу аргументов отладчика и не регистрировались.