Плагины хранятся в установке Eclipse, а не в папке рабочей области.Таким образом, одним из решений будет использование различных установок Eclipse для каждой задачи, в этом случае будут загружаться только необходимые плагины (а другие недоступны), с другой стороны, вам нужно поддерживать как минимум три параллельные установки Eclipse.*
Другое решение - отключить активацию плагинов при запуске: в Параметры / Общие / Запуск и завершение работы вы можете отключить одиночные плагины, не загружаемые.Проблема с этим подходом состоит в том, что это только помогает не загружать плагины, но его вкладки меню и панели инструментов будут загружены.