У меня есть (хакерское) исправление этой проблемы:
Создайте свои рабочие наборы, не важно, что в них отсутствуют файлы или каталоги, просто создайте их все с помощью мастера.
Полное закрытие затмения.
Открытие / рабочей области / .metadata / .plugins / org.eclipse.ui.workbench / workingsets.xml
В каждом рабочем наборедобавьте следующее в качестве первого дочернего элемента:
<item elementID="=WORKINGSET_NAME" factoryID="org.eclipse.dltk.ui.PersistableModelElementFactory"/>
Когда вы перезапустите eclipse, вы обнаружите, что оно работает, как и ожидалось, нужно провести дополнительное тестирование при добавлении новых каталогов и т. д., но пока все выглядит хорошо.!