Поздний ответ (7 лет спустя), но возникла эта проблема.Причиной этого может быть различное окончание строки в зависимости от поставщика управления исходным кодом.Я использовал Git (размещенный на bitbucket), а проверка была сделана через Teamcity.
Решение состояло в том, чтобы включить «Преобразование концов строк в CRLF» в настройках Корня VCS для проблемного проекта.