Есть несколько способов сделать это.
option1: как говорит kolink, разместите файлы за пределами своего рута (public_html)
option2: используйте .htaccess, где вы запрещаете доступ к каталогу, если вы не хотите, чтобы файлы были перечислены, вы можете использовать следующее в вашем .htaccess
Опции -Indexes
Вы также можете посмотреть разрешения для файлов, используя chmod.