hook_form_alter работает на каждой форме.Возможно, у вас есть форма поиска на этой странице, поэтому она печатает текст дважды (по одному для каждой формы).
Чтобы добавить изменения только в одну форму, используйте аргумент $ form_id, подобный этому:
function module_form_alter(&$form, $form_state, $form_id) {
if($form_id == 'YOURFORMID') {
$var = 'bla-bla';
print_r($var);
}
}
замените YOURFORMID на свой form_id.
Вы можете найти form_id, посмотрев HTML-код вывода формы и найдя значение ввода, его имя - form_id.