Я не думаю, что есть что-то не так с наличием нескольких файлов настроек, но я думаю, что наличие двух файлов *.settings сбивает с толку.Я не уверен, по какой причине это может быть сделано, я уверен, что другие разработчики .net будут в равной степени сбиты с толку.Если по какой-то причине вам нужен другой файл настроек, не называйте его *.settings.