Вы можете посмотреть PhoneGap для примера кода.
Есть две части. Сначала вы определяете пользовательскую схему для своего приложения, которая используется только для связи между веб-страницей и делегатом. Может быть просто 'foo:', поскольку он будет закрыт для страницы и хоста. Затем вы обрабатываете эту пользовательскую схему в методе делегата shouldStartLoadWithRequest и возвращаете NO.
С помощью кликабельной ссылки вы можете просто установить href на то, что начинается с вашей пользовательской схемы. Если вам нужно отправлять сообщения в произвольное время, вы можете использовать javascript, чтобы установить для window.location URL-адрес с вашей пользовательской схемой.