Они будут существовать в состоянии луа, которое вы создали, пока вы не закроете это состояние. Переменные привязаны к состоянию, а не к файлу скрипта.
редактировать
Как отмечено в комментариях, локальные переменные будут собираться мусором, когда они выходят за пределы области видимости. Еще одно предостережение: Lua поддерживает замыканий и повышений , поэтому область действия не всегда может быть полностью очевидной.