Теперь, когда я лучше понимаю требования, вы можете просто создать карту символов для замен следующим образом:
Пример: http://jsfiddle.net/gaG28/2/
var charMap = {
a:'z',b:'v',c:'n',d:'s',e:'d',
f:'k',g:'e',h:'y',i:'j',j:'r',
k:'f',l:'m',m:'a',n:'c',o:'q',
p:'t',q:'g',r:'i',s:'b',t:'p',
u:'l',v:'u',w:'h',x:'o',y:'w',z:'x'
};
var str = "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
var str_array = str.split('');
for( var i = 0, len = str_array.length; i < len; i++ ) {
str_array[ i ] = charMap[ str_array[ i ] ] || str_array[ i ];
}
str = str_array.join('');
При этом также останутся одни персонажи, которых нет на карте.