Возникла такая же проблема, поиск Google высадил меня здесь, и ответ не помог мне.tkdiff использует diff для сравнения, поэтому потратил несколько минут, пытаясь найти все варианты, включая --strip-trailing-cr, который не помогает.
Вот варианты, которые работают - используйте -B вместе с -w, чтобы tkdiff игнорировал все пробелы, включая пустые строки.
tkdiff -w -B