В OpenCV напрямую поддерживаются только ориентированные на оси области интереса (CvRect или IplROI). Это потому, что они позволяют прямой доступ к буферу памяти изображений.
Существует два способа работы с не ориентированной по оси ROI в OpenCV. Ни один из них не так эффективен, как использование ориентированных на оси областей интереса.
Поверните свое изображение или ограничивающий прямоугольник, чтобы ваша область интереса теперь выровнялась по оси в результирующем повернутом изображении.
Примечание: поворот немного размыт ваше изображение.
Использование маски. Нарисуйте свою область интереса в виде белого прямоугольника на черном фоновом изображении того же размера, что и изображение, и дайте своим функциям обработки эту маску в качестве дополнительного параметра.
Примечание: не все функции поддерживают маски.
Я бы порекомендовал вариант 1, если вы действительно должны оставаться в точных пределах вашей ROI. В противном случае просто используйте ограничивающий прямоугольник.