Я использую Dropbox для этих двух, я переключаюсь между Windows, Mac и Linux. Вот как я это делаю:
- Поместите версию Windows в Dropbox
- Создайте новый проект Android с тем же именем в Linux где-нибудь, кроме Dropbox
- Удалите папки assets, res и src и замените их программными ссылками на папки Dropbox
Таким образом, каждая ОС имеет свои собственные файлы проекта, но каждый раз, когда вы обновляете файл ресурса или кода, он обновляется во всех ОС.