Любая современная хорошо работающая реализация Java поставляется с JIT, и обычно вам не нужно беспокоиться о подобных вещах.Наиболее частой является реализация Oracle Java, доступная из http://java.com.
Если у вас, однако, есть проблема с производительностью, это обычно проблема с вашим собственным кодом, поэтому используйте подходящий профилировщик (jvisualvm в Sun 6 JDKявляется хорошей бесплатной отправной точкой) для выявления узких мест, чтобы вы могли их исправить.