Похоже, что вы можете использовать опцию -n, чтобы просто сохранить файлы с определенными расширениями, вместе с опцией -g, чтобы добавить файл в архив.
Я не проверял это, но что-то вроде этого должно сработать:
zip -gn .foo archive.zip myAddedFile.foo
Хотя в документации говорится, что по умолчанию zip не сжимает файлы с расширениями в списке .Z: .zip: .zoo: .arc: .lzh: .arj, поэтому, если вы добавляете файл с одним из них Расширения у вас должно быть в порядке.
Документация к команде: здесь