Я делаю это все время с TortoiseSVN. Просто щелкните правой кнопкой мыши папку (ствол) и выберите «Филиал» и введите местоположение филиала в своем репо. Если некоторые из папок не были разветвлены, похоже, что вы не добавили проекты в свою ствол.
Другая возможность состоит в том, что вы слили ветку в одной точке, а затем вернулись (что оставляет там папку) и подумали, что она все еще слита. Ваш код будет скомпилирован (если ваша ветка это сделала), но когда вы выполните все последующие коммиты, другие папки не будут зафиксированы.
Лучшее, что нужно сделать, - это зайти в браузер репозитория и перейти в основную папку. Убедитесь, что все проекты есть. Если это так, попробуйте перейти из браузера репозитория, хотя это не должно иметь значения.
Каждый раз, когда я сталкивался с проблемой, что SVN, по-видимому, что-то делает неправильно, это происходит из-за странного, непреднамеренного действия или ошибки пользователя.
Надеюсь, некоторые из этой информации помогут вам разобраться в проблеме. Удачи!