Я бы пошел с последним вариантом. Это поможет, если вам нужно посчитать полиморфные вложения определенного типа, что вы могли бы. Если бы вы хотели многостолбцовый индекс, я бы по крайней мере поменял местами порядок двух столбцов (сначала указав тип), так как это поле типа гораздо более вероятно будет параметром запроса в этой таблице, чем полем id.
примечание: я предполагаю, что вы используете mysql здесь, и мой совет, вероятно, следует игнорировать или, по крайней мере, проверять, если вы используете другую базу данных.