Я не вижу, в чем проблема. Я взял ваш фрагмент и добавил закрывающие теги, чтобы получить правильно сформированный XML-документ, похожий на этот:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<layerModel xmlns:dm0="http://schemas.microsoft.com/VisualStudio/2008/DslTools/Core">
<layers>
<layer Id="6c1b89f1-9204-4914-a721" name="Layer1" forbiddenNamespaceDependencies="NameSpace1">
<references>
...
</references>>
</layer>
</layers>
</layerModel>
Тогда следующий код C #
XDocument doc = XDocument.Load(@"..\..\XMLFile1.xml");
Console.WriteLine(doc.Root.Element("layers").Element("layer").Attribute("forbiddenNamespaceDependencies").Value);
прекрасно выводит значение атрибута "iddeniddenNamespaceDependencies ", объявление пространства имен для корневого элемента не имеет значения, поскольку в этом пространстве имен нет элементов или атрибутов в вашем образце.
Если у вас все еще есть проблемы, рассмотрите возможность размещения достаточно подробностей, позволяющих нам воспроизвести проблему.