Код прокси, сгенерированный компилятором MIDL, должен работать. Вам просто нужно построить 64-битную DLL из этого кода.
Убедитесь, что ваши типы определены правильно. Убедитесь, что вы избегаете таких типов, как UINT_PTR, которые не будут работать, когда 64-битный абонент вызывает 32-битный сервер.