В apache это было бы просто с mod_rewrite, но boa немного отличается. У вас здесь есть несколько разных проблем. Для файлов .html убедитесь, что в файле boa.conf есть следующая строка:
DirectoryIndex /index.html
Тогда любой файл, который называется index.html, будет получен при попадании в корень. Таким образом, если ваш корневой каталог - / htdocs, то такие проблемы должны решать makes /htdocs/index.html и /htdocs/info/index.html.
Для других ваших скриптов вам необходимо добавить следующую строку:
Приложение AddType / x-httpd-cgi pl
Это должно позволить perl исполняться, так как CGI выполняются везде. Тогда нужно убедиться, что Боа знает, что они являются индексными файлами. Возможно, вам удастся преодолеть некоторые из них, используя директивы Redirect или Alias.