Используйте разделение, чтобы отделить строку, а затем вывести нужные (например, каждый второй столбец), создайте следующий файл xx.pl:
while(<STDIN>) {
chomp;
@fields = split (",",$_);
print "$fields[1],$fields[3],$fields[5],$fields[7],$fields[9]\n"
}
затем выполните:
$ echo 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10 | perl xx.pl
2,4,6,8,10