Все довольно просто:
В вашей программе основной метод должен быть такого типа:
public static void main(String[] args) { ... }
В Eclipse вы можете экспортировать это как работающий фляга. Теперь откройте меню sendto через
shell:sendto
в вашем окне обозревателя. Там, поставить ярлык. Ярлык, который вы ищете, это
java -jar C:\path\to\jar\main.jar
Имейте в виду, что для этого вы должны иметь возможность запускать приложение.
Когда вы это сделаете, sendto-filename появится в параметрах args вашей программы.