Похоже, что PHPDoc не позволяет вам делать это по причинам пространства имен. Из PHPDoc Docs :
ПРИМЕЧАНИЕ. Тег @subpackage предназначен для категоризации элементов с фактическим значением @package. Поскольку сам PHP не позволяет иметь две функции с одинаковыми именами в одном и том же скрипте, PhpDocumentor также требует, чтобы все имена в @package были уникальными ... это означает, что @subpackage не допускает дальнейшего "разделения имен" внутри @package. Что он делает, так это позволяет уровень визуальной группировки / разделения элементов внутри этого @ пакета.
Похоже, что @package в PHPDoc - это способ псевдо-пространства имен ваших функций и классов, а @subpackage просто для категоризации. Вы пытались добавить более одного подпакета? Если да, каковы были результаты?