Идея состоит в том, чтобы PHP-скрипт анализировал данный файл .patch и соответственно применял данный патч.Предположим, что сценарий не имеет доступа к командной строке, поэтому сценарию придется выполнять сам синтаксический анализ.Где-нибудь есть библиотека?