Вы уверены, что используется MSBuild 4.0?При запуске MSBuild из командной строки вы должны увидеть:
Microsoft (R) Build Engine Version 4.0.30319.1
[Microsoft .NET Framework, Version 4.0.30319.1]
Copyright (C) Microsoft Corporation 2007. All rights reserved.
Если правильная версия не используется, вам придется запустить MSBuild внутри Visual Studio 2010 Command Prompt
или поместить каталог .NET 4 (% windir%\ Microsoft.NET \ Framework \ v4.0.30128 ) на вашем пути.