Сначала пусть ваши разработчики загрузят клиентские инструменты всех трех версий на свои машины. Вы должны начать с 2000 года и работать правильно. Затем попросите их работать в Query Analyzer для проектов, поддерживающих 2000, и в SSMS для проектов, поддерживающих 2005 или 2008. Настаивайте на том, что они всегда работают только с самой низкой версией базы данных, которую будет использовать клиент. Большинство вещей, которые работают в 2000 году, будут работать в 2008 году (что не так для следующей версии, поэтому пользователям 2000 года настоятельно рекомендуется обновить).
Пусть они выполняют всю работу в сценариях (даже изменения базы данных и вставки в таблицы типов поиска) и проверяют подлинность сценариев, как и любой другой код.
Если у вас есть тестеры, убедитесь, что они подключены к правильной версии базы данных, и что они проводят тесты на эту, а не на какую-то более высокую версию.
Я бы также разработал для ваших разработчиков шпаргалку о том, какой код T-SQL будет работать с какой версией. Лучший способ сделать это - заглянуть в Books Online за 2005 и 2008 годы, чтобы узнать, какие новые функции были добавлены.
Но очень важно, чтобы они работали только в той базе данных, которую будет поддерживать конкретный проект, или вам придется переписывать большие массивы кода, когда он перейдет в prod. Более новые разработчики не знают 2000 и привыкли использовать такие вещи, как CTE, которые не поддерживаются. Лучше всего, когда они пишут код, они сразу узнают, что он не будет работать ни в тесте, ни хуже в prod.