Не уверен, что вы подразумеваете под «автоматически», но попробуйте Google Documents.Вы можете загружать файлы .doc оптом, чтобы конвертировать их в формат Google.Оттуда вы можете экспортировать (массово) в PDF.
Чтобы использовать Документы Google, получите учетную запись gmail (или учетную запись приложений Google) и перейдите на страницу docs.google.com