Возможно, вам лучше было бы сложить выборку в запросе с помощью:
User.find(:all, :conditions => "organization_id IS NOT NULL").each do |user|
Это только приведет к получению релевантных результатов из базы данных, поэтому будет меньше ненужных данных, извлекаемых и выбрасываемых.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Как предлагается в комментариях, следующее было бы правильным для отношения многие ко многим, предполагая модель объединения, называемую членством (где пользователь has_many :organisations, :through => :membership
) ...
User.all(:joins => "inner join memberships on memberships.user_id = users.id")