При создании нового проекта в сообщениях консоли указывается, куда следует помещать библиотеки (сторонний файл jar). Это каталог lib проекта:
Creating project "Test"
Place Java source files in "/export/home/frayser/j2mewtk/2.5.2/apps/Test/src"
Place application resource files in "/export/home/frayser/j2mewtk/2.5.2/apps/Test/res"
Place application library files in "/export/home/frayser/j2mewtk/2.5.2/apps/Test/lib"
Из FAQ: Я создал новый проект. Что мне теперь делать?