Если вы используете isql для выполнения sp_helptext, то, вероятно, вы не указали параметр "-w", который устанавливает значение column_width для текущего сеанса.Попробуйте проделать то же самое с isql -w999, чтобы проверить, не обернут ли он до сих пор.
Для своих собственных целей, для сравнения хранимых процедур, я использую утилиту defncopy, предоставленную Sybase, о которой Кольчанов уже упоминал.