Проверьте свой внешний репозиторий git, добавьте импортированный репозиторий git в качестве удаленного и используйте git-subtree , чтобы сделать импортированный репозиторий поддеревом другого.
git clone git://path/to/remote/repo
cd repo
git remote add -f ../path/to/imported
git subtree add --prefix=subdir/ imported/master
git push
Вы должны обдумать требования к тегам и ветвям. Вы объединяете внешнее репо с n ветками с внутренним репо с m ветками. Что вы собираетесь делать, создавать n × m веток?
Если вы хотите сохранить ветви импортируемого репо, предоставьте ему собственный репозиторий, а не подкаталог.