Краткий ответ: корень сети должен указывать на index.php в корне Drupal для всех сайтов, которые вы размещаете на этой кодовой базе.
В вашем случае вы получаете сообщение об ошибке, потому что в каталоге /sites/yoursite.com
нет ничего, что ваш веб-сервер может запускать самостоятельно.
Более длинный ответ: Настройка Drupal для нескольких доменов требует немного больше чтения и изучения, которые можно обобщить в ответе SO.
Справочник по http://drupal.org/getting-started/6/install/multi-site - отличное место для начала, содержащее ссылки на видео и дополнительные учебные пособия на случай, если вам потребуется дополнительная помощь.