Не могли бы вы дать нам больше данных?
В любом случае, если вы используете задачи Tigris, Tigris - это пользовательская библиотека с полезными дополнительными задачами (http://msbuildtasks.tigris.org), вы можете использовать новую задачу Слияние
Объединить Объединить файлы в файл назначения.
Вы можете также найти полезные (в зависимости от того, что вам нужно) TemplateFile Задача, позволяющая создать файл app.exe.config из шаблона, изменяющего некоторые внутренние переменные.