Нет причин не делать этого;и это не приведет к ошибке.Нередко меняются файлы html-шаблона.
Неясно, будут ли посторонние файлы из папки html-template, такие как myJSFile.js, копироваться в вашу папку bin во время компиляции.Вам придется протестировать его.
Единственное, что нужно помнить, это то, что изменение SDK в проекте приведет к повторному созданию каталога html-template, переписав все ваши пользовательские изменения.