добавлено ^ в начале и $ в конце, ничего не предшествует http и после нормального URL
Regex.Replace(text, @"^((www\.|(http|https|ftp)\://)[.a-z0-9-]+\.[a-z0-9\/_:@=.+?,##%&~-]*[^.|\'|\# |!|\(|?|,| |>|<|;|\)])$",
"<a href=\"$1\" target=\"_blank\">$1</a>", RegexOptions.IgnoreCase).Replace("href=\"www.", "href=\"http://www.");