Если вы загрузите расширения Ninject 2 WCF , вы сможете сделать это очень хорошо.
Основные отличия состоят в том, что ваш файл SVC имеет запись Factory:
<%@ ServiceHost Language="C#" Debug="true" Service="WcfService.YourService" CodeBehind="YourService.svc.cs" Factory="Ninject.Extensions.Wcf.NinjectServiceHostFactory" %>
и ваш файл global.asax.cs наследуется от NinjectWcfApplication:
namespace WcfService
{
public class Global : NinjectWcfApplication
Остальные примеры кода и служб можно найти здесь .