Показать страницу обработки и автоматически обновить ее через соответствующие промежутки времени. Вы все равно хотите это сделать, поскольку браузер не может ожидать такой длительной операции.
Выше было сказано, зачем вам нужно, чтобы пользователь все еще входил в систему? Это происходит на стороне клиента? Если это сделано на стороне сервера, вы должны структурировать код таким образом, чтобы на него не влиял такой сеанс.