Вы правы. Javascript на ваших веб-страницах запускается на клиенте - поэтому он должен быть загружен клиентом. По определению, клиенты имеют «весь ваш внешний код».
Обычный процесс попытки сделать ваш javascript трудным для чтения (и, следовательно, копирования) называется обфускация . Запутанный javascript - это то же самое, что и не запутанный javascript для браузера, поэтому он будет одинаково хорошо работать с любой структурой javascript.