Вот команда, которая преобразует в нижний регистр вторую букву каждого слова, если первая буква прописная, а все остальные буквы в слове строчные:
(defun fix-double-uppercase-at-start-of-words ()
(interactive)
(let ((case-fold-search nil))
(save-match-data
(while (re-search-forward "\\b\\([[:upper:]]\\)\\([[:upper:]]\\)\\([[:lower:]]*\\)\\b" nil t)
(replace-match (concat (match-string 1)
(downcase (match-string 2))
(match-string 3))
t)))))
Команда будет работать со всеми словами от текущей позиции курсора до (видимого) конца буфера.