Есть ли способ отключить раздел "Файлы" в меню вывода phpdoc?
Нет. Я не думаю, что это было запрошено ранее, поэтому вы можете сделать запрос на функцию [1]. Однако, учитывая, что организационная структура Файлов является достаточно основной для всех выходных шаблонов, это может быть трудной для реализации функцией.
[1] - http://pear.php.net/bugs/search.php?package_name[]=PhpDocumentor&cmd=display
Я обнаружил, что могу просто отредактировать файлы шаблона и закомментировать (или просто удалить) эти разделы. Конечно, это не мешает генерировать настоящие файлы, но мое меню больше не загромождено.