Как вы упомянули, SQLite не поддерживает CTE, оконные функции или что-либо подобное.
Однако вы можете написать свои собственные пользовательские функции, которые вы можете вызывать внутри SQLite, зарегистрировав их в базе данных с помощью API SQLite, используя sqlite_create_function () . Вы регистрируете их в базе данных, а затем можете использовать их в своем собственном коде приложения. Вы можете создать агрегатную функцию, которая будет выполнять сумму ряда средних значений на основе значений отдельных столбцов. Для каждого значения вызывается функция обратного вызова типа шага, которая позволяет выполнить некоторые вычисления для данных, а также доступен указатель для хранения данных состояния.
В вашем SQL вы можете зарегистрировать пользовательскую функцию sum_of_series_of_averages и иметь:
SELECT sum_of_series_of_averages(columnA,columnB)
FROM table
WHERE ...
Для некоторых хороших примеров того, как они работают, вы должны проверить исходный код SQLite, а также это руководство (поиск по Defining SQLite User Functions
).