Это будет зависеть от версии фреймворка, на которую нацелено ваше приложение MVC.Поэтому, если ваше приложение ориентировано на .NET 4.0, пул приложений должен быть настроен на использование CLR 4.0.Если ваше приложение предназначено для .NET 3.5, пул приложений должен быть настроен на использование CLR 2.0.Вот статья , охватывающая различные сценарии развертывания.