Я просто думаю об этом здесь ... (и, вероятно, после того, как все остальные тоже пошли дальше).
Отображение первичного ключа в "NULL" должно привести к желаемому результату (ничего хорошегоесли вы используете его в качестве внешнего ключа где-то еще, поскольку ключ, вероятно, существует, но имеет другое содержимое)
attach './abc2.db' as toMerge;
insert into test select NULL, value, goody from toMerge.test;
detach database toMerge;
фактический тест:
sqlite> insert into test select * from toMerge.test;
Error: PRIMARY KEY must be unique
sqlite> insert into test select NULL, value, goody from toMerge.test;
sqlite> detach database toMerge;