virtualenv жестко кодирует многие пути, поэтому без некоторых настроек вы не можете просто переименовать каталог верхнего уровня.Вы можете попробовать использовать параметр virtualenv --relocatable, чтобы выполнить настройку, как описано в документации (но обратите внимание, что она помечена как несколько экспериментальная ).