Вы можете рассмотреть возможность использования инфраструктуры, такой как Codeigniter, если вы только начинаете с ООП. Кривая обучения для хорошего ООП крутая, а кривая обучения для Codeigniter - нет. Вы можете немедленно приступить к работе и узнаете много полезного передового опыта. Например, шаблон MVC, который вы хотите использовать при работе с ООП. Зайдите на codeigniter.com и проверьте это!
Руководство доступно на http://codeigniter.com/user_guide/
Если бы я прямо ответил на ваш вопрос, я бы посоветовал вам поближе взглянуть на MVC, который является способом организации файлов. Но я знаю, что это может быть трудно понять с самого начала, поэтому я говорю людям, чтобы они представились, используя рамки по своему выбору. Конечно, с точки зрения разработки также желательно иметь каркас, потому что он ускорит ваш процесс.
Как сказал в своем комментарии Бритва, изобретать велосипед - пустая трата времени. Вы также будете рады отметить, что существует множество открытого кода, написанного на конкретных платформах, и если вы знаете эти платформы, вы сможете очень легко расширять этот код. Если вы попытаетесь расширить случайный CMS-скрипт, это может быть также пустой тратой времени, если вы не можете его понять.