Для минимального дублирования вы можете использовать один проект с двумя наборами файлов .nib, но с одним набором файлов исходного кода, которые включают в себя проверки во время выполнения на наличие различий UIUserInterfaceIdiom.
Если вы хотите два (или более) приложения вместо универсального приложения, просто создайте две цели, содержащие только соответствующие файлы .nib, и #ifdef результаты проверки во время выполнения с помощью макроса препроцессора, определенного в настройках сборки каждой цели, чтобы принудительно использовать только идиому iPhone или iPad.