Да, но я считаю, что это не приведет к автоматическому добавлению всех необходимых заголовков и #defines - конечно, вы можете сначала попробовать это и проверить, чтобы убедиться.
Если это не сработает, вы можете использовать «Файл-> Новый-> Проект из существующего кода», чтобы создать новый проект в своем решении, который использует как MFC, так и ATL, используя код в исходном проекте. Вам нужно будет включить любые пользовательские настройки из вашей текущей версии только для ATL, но если вы позволите создать новый предварительно скомпилированный заголовок в новом проекте, в нем должны быть включены и включены все необходимые биты MFC и ATL.